Il Consiglio della chiesa è formato dal pastore, o dai pastori, e presbiteri eletti dalla assemblea della chiesa. I diaconi non fanno parte del Consiglio. Il pastore è il presidente del Consiglio, ma tutte le decisioni sono assunte dal Consiglio, a voto di maggioranza. Il governo e l’amministrazione della Chiesa Presbiteriana di Pistoia competono al Consiglio. Specifiche decisioni sono di competenza esclusiva del Consiglio: a) esercitare il governo spirituale e amministrativo della Chiesa sotto la sua giurisdizione, vegliando attentamente sulla fede e sul comportamento dei credenti, in modo che non negligenzino i loro privilegi e doveri; b) ammettere, disciplinare, trasferire e dimettere membri; c) imporre pene e farle scontare; d) avviare la procedura di scelta ed elezione di presbiteri e diaconi, ordinarli e insediarli, dopo aver verificato la regolarità del processo di elezione e l’idoneità degli eletti; e) avviare la procedura di scelta ed elezione di pastori; f ) ricevere il ministro designato dal Presbiterio per la carica di pastore; g) costituire e guidare la Giunta Diaconale; h) supervisionare, orientare e sovrintendere all’opera di educazione religiosa, al lavoro delle società ausiliatrici femminili, alle unioni giovanili e alle altre organizzazioni della Chiesa, così come all’opera educativa in generale e tutte le attività spirituali; i) esigere che gli ufficiali e i funzionari sotto la sua direzione adempiano fedelmente ai loro obblighi; j) organizzare e mantenere in buon ordine gli archivi, i registri e le statistiche della Chiesa; l) organizzare e mantenere aggiornato il registro dei membri comunicanti e dei non-comunicanti; m) presentare annualmente alla Chiesa la relazione delle sue attività, accompagnata dalle relative statistiche; n) risolvere casi di dubbio su dottrina e pratica, per l’orientamento della coscienza cristiana; o) sospendere l’esecuzione di misure assunte dalle associazioni e dai ministeri interni della Chiesa che possono pregiudicare gli interessi spirituali; p) esaminare le relazioni, i libri dei verbali e i libri delle tesorerie delle organizzazioni interne, registrando in essi le proprie osservazioni; q) approvare o meno gli statuti delle associazioni interne della Chiesa e insediare le loro dirigenze; r) costituire punti di predicazione e congregazioni; s) vegliare sulla regolarità dei servizi religiosi; t) eleggere rappresentanti presso il Presbiterio; u) vegliare affinché i genitori non trascurino di presentare i propri figli al battesimo; v) osservare e portare ad esecuzione gli ordini legali dei consigli superiori; x) designare, se occorre, donne pie per aver cura degli infermi, dei carcerati, delle vedove ed orfani, dei poveri in generale, per l’aiuto a chi soffre. Le riunioni del Consiglio della Chiesa Presbiteriana di Pistoia sono private e riservate ai suoi membri e le sue decisioni sono registrate nei verbali e supervisionate dalla Junta Missionaria de Pinheiros della Chiesa Presbiteriana di Pinheiros, San Paolo (Brasile).